A pedagogia de projetos carece de comprovação de sua eficácia metodológica, pois é fruto de experiência prática dos professores.

Como o uso de projetos é uma prática restrita à Educação Básica, seus participantes não têm suficiente maturidade para seguir um método com rigor.

O método é aplicável apenas individualmente, enquanto o projeto só pode ser desenvolvido em grupos.

O trabalho com projetos requer abertura para o desconhecido, para a flexibilidade na formulação e reformulação de metas e percursos.

A impossibilidade de realizar uma avaliação ao final do trabalho com projetos difere da prática de mensuração e análise típica dos métodos.